Το μοσχοκάρυδο έχει δυνατό και διαπεραστικό άρωμα με ιδιάζουσα γεύση. Δρα ως αντισηπτικό και βοηθάει στην πέψη. Στην μαγειρική χρησιμοποιείται στον αρωματισμό λουκάνικων και κρεάτων, σε διάφορες σάλτσες, στον πουρέ πατάτας, την μπεσαμέλ και την τυρόπιτα.
Χρησιμοποιείται κυρίως στη γαστρονομία για τις χωνευτικές του ιδιότητες, ιδιαίτερα για τα λιπαρά, βαριά ή αμυλούχα φαγητά, και κυρίως για να καρυκεύσει διάφορα συνηθισμένα και γκουρμέ φαγητά όπως το πατέ φασιανού, την κρεατόπιτα, τα γεμιστά πιτσούνια, την τυρόπιτα και άλλα. Η γεύση του είναι πικάντικη, αλλά όταν είναι φρεσκοτριμμένο είναι πολύ πιο δυνατό.